Trung tâm y tế thành phố Châu Đốc là tiền thân của Bệnh viện đa khoa thị xã Châu Đốc và được thành lập năm 2006. Nhận nhiệm vụ khám và điều trị cho bệnh nhân BHYT trong và ngoài thị xã.
Bệnh viện thị xã nhận nhiệm vụ quản lý điều trị chủ yếu cho bệnh nhân BHYT, Cán bộ diện bảo vệ sức khỏe Cán bộ, trẻ dưới 6 tuổi, người già, người nghèo, nhân dân trong Thị xã và bệnh nhân BHYT của 9 xã thuộc huyện lân cận. Tháng 6 năm 2012, Bệnh viện được công nhận Bệnh viện hạng III và được Sở y tế giao chỉ tiêu giường bệnh là 50.
Tháng 07/2013, Bệnh viện đa khoa thị xã Châu Đốc được nâng cấp thành Bệnh viện đa khoa thành phố Châu Đốc, với chỉ tiêu giường bệnh là 80 giường.
Năm 2018, thực hiện sáp nhập giữa Bệnh viện đa khoa thành phố Châu Đốc và Trung tâm y tế thành phố Châu Đốc nay là Trung tâm y tế thành phố Châu Đốc (2 chức năng)
Hàng năm, bên cạnh việc thực hiện nhiệm vụ y tế, bệnh viện còn cử cán bộ phục vụ y tế các ngày Lễ tại địa phương, tham gia đề án 1816 của Bộ y tế, khám sức khỏe NVQS cho các thanh niên trên địa bàn thành phố. Cử cán bộ y tế tham gia học các lớp ngắn hạn để nâng cao trình độ tay nghề, phục vụ nhân dân ngày một tốt hơn.
Tháng 01 năm 2018, thực hiện Quyết định 3349/QĐ-UBND ngày 07/11/2017 của UBND tỉnh An giang về việc thành lập Trung tâm y tế thành phố Châu Đốc trên cơ sở sáp nhập Trung tâm y tế thành phố Châu Đốc và bệnh viện đa khoa thành phố Châu Đốc;
Chức năng: cung cấp dịch vụ chuyên môn, kỹ thuật về y tế dự phòng, khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng và dịch vụ y tế khác theo quy định của pháp luật.
Cơ cấu tổ chức: Trên cơ sở nguồn nhân lực hiện có và thực tiển định mức hạ tầng kỹ thuật, đơn vị đã cơ cấu tổ chức:
- Trung tâm có 01 Giám đốc và 03 phó Giám Đốc
- 04 Phòng chức năng: tổ chức - hành chính, kế hoạch - nghiệp vụ, tài chính - kế toán, điều dưỡng.
- 10 Khoa chuyên môn:Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS, y tế công cộng và dinh dưỡng, an toàn thực phẩm, chăm sóc sức khỏe sinh sản, khám bệnh, hồi sức cấp cứu, nội tổng hợp, dược - trang thiết bị - vật tư y tế, xét nghiệm chẩn đoán hình ảnh, cơ sở điều trị Methadone.
- 04 tổ chuyên môn: kiểm soát nhiễm khuần, y học cổ truyền – phục hồi chức năng(thuộc khoa khám bệnh), răng hàm mặt(thuộc khoa khám bệnh), phòng khám OPC điều trị ARV(thuộc khoa khám bệnh).
- 07 trạm y tế thuộc trung tâm: Châu Phú A, Châu Phú B, Núi Sam, Vĩnh Mỹ, Vĩnh Ngươn, Vĩnh Tế, Vĩnh Châu.
Tháng 4 năm 2020, thực hiện Quyết định số 153/QĐ-UBND ngày 22/01/2020 của UBND tỉnh An Giang về việc sáp nhập trung tâm dân số - kế hoạch hóa gia đình huyện, thị xã, thành phố vào trung tâm y tế huyện, thị xã, thành phố trực thuộc sở y tế tỉnh An Giang, theo đề án số 05-ĐA/TU ngày 12 tháng 9 năm 2018 của Tỉnh ủy An Giang về “ Tiếp tục đổi mới hệ thống tổ chức và quản lý, nâng cao chất lượng và hiệu quả hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập” và đề án số 22/ĐA-SYT ngày 03 tháng 01 năm 2020 của sở y tế tỉnh An Giang về việc sáp nhập trung tâm dân số - kế hoạch hóa gia đình huyện, thị xã, thành phố vào trung tâm y tế huyện, thị xã, thành phố.Việc sáp nhập trung tâm DS-KHHGĐ huyện vào trung tâm y tế huyện thành lập trung tâm y tế huyện thực hiện đa chức năng nhằm thu gọn đầu mối, giảm bớt khâu trung gian, khắc phục sự chồng chéo về chức nang, nhiềm vụ; kiện toàn bộ máy theo hướng tinh gọn, hiệu lực, hiệu quả, đúng quy định củ pháp luật, tập trung nguồng lực, phù hợp chủ trương của Đảng.
Chức năng: cung cấp dịch vụ chuyên môn, kỹ thuật về y tế dự phòng, nghiệp vụ DS-KHHGĐ, khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng và dịch vụ y tế khác theo quy định của pháp luật.
Cơ cấu tổ chức:
- Trung tâm có 01 Giám đốc và 01 phó Giám Đốc
- 05 Phòng chức năng: tổ chức - hành chính, kế hoạch - nghiệp vụ, tài chính - kế toán, điều dưỡng, dân số.
- 10 Khoa chuyên môn:Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS, y tế công cộng và dinh dưỡng, an toàn thực phẩm, chăm sóc sức khỏe sinh sản, khám bệnh, hồi sức cấp cứu, nội tổng hợp, dược - trang thiết bị - vật tư y tế, xét nghiệm chẩn đoán hình ảnh, cơ sở điều trị Methadone.
- 04 tổ chuyên môn: kiểm soát nhiễm khuần, y học cổ truyền – phục hồi chức năng(thuộc khoa khám bệnh), răng hàm mặt(thuộc khoa khám bệnh), phòng khám OPC điều trị ARV(thuộc khoa khám bệnh).
- 07 trạm y tế thuộc trung tâm: Châu Phú A, Châu Phú B, Núi Sam, Vĩnh Mỹ, Vĩnh Ngươn, Vĩnh Tế, Vĩnh Châu.